遭当局以为境外非法提供国家机密罪逮捕的天网负责人黄琦辩护律师于看守所查询其健康及治疗情况及送药遭拒

由于网站同时还登载各种批评时政的文章，引发中国当局的关注。2000年2月，原四川省国安人员卜列平等人到天网寻人事务所与黄琦发生冲突，黄被打伤。这一事件引发极大反响，随后中国当局查封了天网网站。4月15日，在一家美国网络服务提供商的说明下，天网网站重新开张。由于以后天网在时政与公共评论中的声音越来越尖锐，2000年6月3日即六四事件十一周年纪念日的前一天，黄琦被警察逮捕。在被捕近三年后，2003年5月9日，成都市中级人民法院以煽动颠覆国家政权罪，判处黄琦有期徒刑5年。黄琦被捕后，引起世界广泛关注，美国政府及数百家国际组织抗议中国大陆对黄琦的迫害。中国国内民间对司法裁定有巨大的争议和质疑，认为事实和证据都不能成立，并认为这是当局一直拖到近三年后才判刑的原因。2004年6月国际人权组织无国界记者和法兰西基金会授予黄琦“第2届互联网自由奖”。2005年6月4日，黄琦刑满获释。2006年4月28日，六四天网公布了中国第一个八九死难者索赔初步成功的消息。12月31日，黄琦改组六四天网为中国天网人权事务中心，创办了中国大陆第一家综合性人权组织。6月3日，获第六届中国人权青年奖。2007年1月26日，成立中国天网人权事务中心丹麦联络处。2007年6月，中国天网人权事务中心在美国成功注册。2007年2月，黄琦获赫尔曼•哈米特奖。2008年中国汶川大地震后，黄琦积极参与救灾活动，同时为地震中死亡学生的家长提供帮助，而且在网上撰文揭露“豆腐渣”工程。6月10日晚，黄琦和天网人权事务中心两名工作人员吃饭时被几名身份不明的人强行塞进一辆汽车带走。6月16日上午，黄琦母亲蒲文清收到了其以「非法持有国家机密」受到刑事拘留的通知书。7月，黄琦以非法持有国家机密罪名被正式起诉。2009年11月23日成都市武侯区法院对黄琦案进行了宣判，法院以“非法持有国家机密档罪”，判处黄琦有期徒刑三年。12月5日，魏京生基金会将第六届“中国民主斗士奖”颁给尚在狱中的黄琦和杨天水。2011年6月10日黄琦刑满出狱，现定居于成都。
2016年10月24日中共十八大六中全会前夜间与外界失联。后被证实遭国保强制传唤。
2016年11月28日晚黄琦于成都市武候区桐梓林东路3号锦绣花园西区遭15名分别来自棉阳、内江和成都南站派出所的警察人闯入家中强行带走。义工蒲飞28日晚曾发布黄琦失联消息于twitter，但随后删除，此后蒲飞亦失去联系。
2016年11月30日黄琦的母亲蒲文清（83岁）下落不明。同时绵阳的杨秀琼在28日晚上被绵阳警方带走，据传遭拘留10天。蒲文清曾在事发第二天告诉媒体，黄琦被绵阳警方带走，警方还将她软禁在一处宾馆内两个小时，内江市公安又把她的住所门撬开，入室搜查。
2016年12月20日证实遭四川绵阳市检察院以为境外非法提供国家机密罪逮捕，羁押于绵阳看守所。
2016年12月30日黄琦此前委托律师李静林到绵阳看守所要求会见当事人被拒绝。警方指黄琦案是“专控案”，须经办案机关批准方可会见。李律师稍后到办案单位该市公安局国保支队交涉，被要求提供黄琦近期的律师委托书才能会见黄琦。

2017年1月24日其表律师李静林被遂宁司法局昨天下午约谈，司法局负责维稳工作的副局长要其退出给黄琦的辩护，不要去会见美国驻成都领事。

2017年2月3日黄琦被绵阳市公安局以其不符合法定条件，且变更强制措施可能有社会危险性为由不予变更强制措施拒绝取保。绵公（国）不变字[2017]001号。